农业科研院所网站在功能定位上还缺乏明确性和全面性, 未能充分利用互联网的互动功能, 许多门户网站浏览速度慢, 重宣传、重信息发布, 但是轻交流、轻互动, 信息资源少, 有的甚至只是一篇文本式的文档, 在交流方面少之又少。

       信息系统使用率低。农业科研院所网站在功能定位上还缺乏明确性和全面性, 未能充分利用互联网的互动功能, 许多门户网站浏览速度慢, 重宣传、重信息发布, 但是轻交流、轻互动, 信息资源少, 有的甚至只是一篇文本式的文档, 在交流方面少之又少。虽然网站的管理功能具有信息实时发布和动态更新等功能, 使管理工作实现了信息化和网络化, 但由于网络信息在数据采集、实时录入等数据库基本功能上烦琐甚至不完善, 目前多数的农业科研院所仍旧停留在传统和现代化信息化管理模式并存阶段, 在内容上网站不能搜集包罗万象的农业信息, 在形式上也没有强大的检索功能来为用户提供最大的便利, 没有方便快捷的沟通交流渠道, 信息组织方式和信息的表现形式缺乏以用户为中心的人性化设计, 会让网站用户特别是大多数农业科技人员和农户对信息的获取及应用程度降低。

       网络信息的资源量多、庞杂, 而且每天都在迅速增长, 现阶段农业科研门户网络信息资源基本处于无序化状态, 缺乏必要的质量控制和严格的管理机制。农业科研院所拥有农业科研与产业方面丰富的信息资源, 但在网站建设中对于农业科普知识的信息组织化程度不高, 在科研、行业信息等方面的专业信息化程度较低, 层次功能不够深入, 不能满足日新月异的发展需求, 为用户选择和利用农业网络信息资源带来许多障碍, 如何对网站资源进行有效的组织、存储和管理十分重要。

       农业科研院所门户网站提供的检索工具制约着用户对网络信息资源的利用, 主要表现在搜索引擎难以向用户提供较全面的检索途径, 不能提供模糊检索、截词检索等多途径检索, 而只能提供简单检索和高级检索。